и единственным надежным вариантом остается только "хорошее" форматирование всего диска.
Форматирование вообще никак не поможет. При форматировании записывается несколько мегабайт на диск.
Чтобы гарантированно удалить с SSD нужно полностью перезаписать данными весь объем и резерв.
Т.е на SSD размером 250Гб нужно записать около 300Гб несжимаемых данных
По поводу контейнер vs диск...
Если файлы просто хранить и не работать с ними, удобней контейнер.
Если вы их будете открывать велика вероятность что будут создаваться временные файлы на системном диске.
Поэтому для исключения возможности несанкционированного доступа надо шифровать весь диск.
Но это приличная нагрузка зачастую. Тут уж надо выбирать быстро или безопасно.