Если чисто "механически" сообщить значение top от одного элемента превью к соответствующему элементу со схожим id = data-mini, то это можно сделать так:
var e_prevs = $('div.side div.preview'); //выбираем все превью-элементы
e_prevs.each(function(index) //пробегаемся по превью элементам
{
var id = this.id; //this - это текущий элемент превью, получаем его id.
var link = $('div.main div.element[data-mini=' + id + ']')[0]; //находим элемент-ссылку, у которого есть схожий атрибут data-mini.
var top_e_prev = this.offsetTop; // получаем знач. свойства от начала страницы
link.offsetTop = top_e_prev; // присваиваем это значение ссылке
});
Чтобы элементы фактически встали по одной высоте, нужно указать правильные CSS-свойства position опорного контейнера div.container {position: relative;}, а превью-контейнерам давать абсолют, но тут нужно смотреть, как на такие изменения отреагирует весь остальной контент, находящийся в том же контейнере.
PS: Или наоборот передавать свойства...
var main_els = $('div.main div.element');
main_els.each(function (index)
{
var data_mini = this.dataset.mini;
var link = $('div.side div.preview#' + data_mini)[0];
var top_el = this.offsetTop;
link.offsetTop = top_el;
});