Так и делают, и ничего страшного в этом нет. Но лучше не использовать в вашей ситуации APC для кеширования данных.
Файловый кеш вам вполне подойдёт и в нормальных условиях не будет заметно медленнее кеша в APC. Файлы сами по себе кешируются средствами ФС, и ваш кеш, если будет свободная память, точно также будет читаться не с диска а из памяти.
А то, что битрикс ну ни разу не шустрый, так это не секрет. =)
Ну и вам, видимо, надо не пытаться бездумно сменить хранилище кеша, а поискать реальные узкие места вашего проекта. Возможно это битрикс, точнее криво сделанный сайт, возможно настройки сервера...