C:\Users\Пользователь\AppData\Roaming\Sublime Text 3\Local\Session.sublime_session
там find_history и replace_history - внутри этих массивов удали текст, оставив только [квадратные скобки]
Редактировать нужно другим редактором. Sublime Text 3 на время редактирования нужно держать закрытым.