Я понимаю, что пседоэлементы находятся вне DOM-дерева и к ним нельзя обратиться как к простым HTML-элементам.
Нужно реализовать такую схему или что-то похожее:
$('псевдоэлемент').css('box-shadow', 'inset 0px 0px 0px 2px'+color);
где color - переменная.
Идея в следующем, есть блок, ему выставляется background, в тоже время к данному блоку применен opacity. Псевдоэлементом (::after) я сделал border. Когда выбирается цвет блока, с помощью js я вытаскиваю цвет, вставляю в переменную и применяю к псевдоэлементу. Получается цвет background и border одинаковый, но за счет opacity рамка становится ярко выражена.