Здравствуйте!
Сайт на html так? Конечно же вручную удалять все ссылки это адский труд. Но вы можете поступить другим способом... Например, скачайте этот html сайт локально и откройте в редакторе (Notepad++ или Sublime).
Далее вы можете искать и заменять ссылки по файлам сайта.
Для этого в notepad++ ctrl + H и далее во вкладку Поиск по файлам (название отличается).
В Sublime ctrl + shift + F выбираете папку, выбираете ссылку, которую нужно удалить. Для удаления поле "Заменить" оставьте пустым.
Вы также можете использовать regex, если ваши ссылки имеют схожие параметры (например, если все 1000 ссылок имеют домен example.com)
P.S. или пишите рнр скрипт, который поочередно возьмет строку с нерабочей ссылкой и будет искать и удалять его в файлах..