Сам активно использую Конутр (более 3 лет). Для меня удобно, что можно вести сразу несколько организаций (в МоемДеле этого не было еще летом, сейчас не знаю).
Все основные действия делает на отлично - счета, договора, акты, платежки, сотрудники, ну и конечно отчетность (если брать без ЭЦП - то налоговая и пенсионнка через интернет, а ФСС ножками). Ни разу не было проблем с ними.