Как сказано выше - GnuPG. Может не идти по умолчанию в некоторых вариантах дистрибутивов (вариант minimal), устанавливается одной командой, много места не занимает. Крайне удобная и функциональная программа. Поддерживает симметричное и асимметричное (даже на эллиптических кривых) шифрование, подпись, сжатие.
В случае шифрования только /home, какие данные могут быть получены при наличии физического доступа?
В случае симметричного ключа 256 бит или асимметричного ключа на эллиптических кривых 512 бит кроме головной боли для постороннего ничего.