Я сделал график и нанёс на него несколько точек. Затем я поместил начало координат в левый нижний угол и добавил отступы с каждой стороны:
JSFIDDLE
В результате всё выглядит так как я задумывал за исключением небольшого смещения каждой точки по оси Y. Помогите пожалуйста это исправить.
В частности видно, что точка с координатами [500, 500]
расположена по оси Y выше своего места.