Использую следующую структуру файлов на проекте:
assets
-- bootstrap.js
-- jquery.js
site-blocks
-- gallery
---- gallery.js
---- gallery.scss
-- header
---- header.scss
---- header__nav.scss
---- header.js
То есть код каждого блока находится в своей папке. При сборке проекта файлы объединяются по технологиям без какого-либо приоритета в порядке (тк они не зависят друг от друга), однако возникает вопрос: куда правильнее (по БЭМ) помещать глобальные стили, например для body, ссылок и тд? точно такой же вопрос для глобального js кода (например инициализация глобальных переменных, загрузка библиотек)?