Собственно, проблема в том, что данный код не меняет значение в таблице.
$obj = $modx->getObject('LatestSite', array('user_id' => $customer));
$obj->set('site_id', $_POST['siteid']);
$obj->save();
Вот xml:
<?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?>
<model package="testpackage" baseClass="xPDOObject" platform="mysql" defaultEngine="MyISAM" version="1.1">
<object class="LatestSite" table="latest_site" extends="xPDOObject">
<field key="user_id" dbtype="int" precision="10" phptype="integer" null="false" />
<field key="site_id" dbtype="int" precision="10" phptype="integer" null="false" />
</object>
</model>
Добавление работает корректно.