Имеется пример на
jsfiddle
Тут есть 3 уровня:
1 карусель
2 карточка со слайшоу
3 попап фото из карточки
2й и 3й сделаны через fancybox. 3й вызывается из 2го (на фидле видно).
Так вот, когда попап открывается, то таймер закрывает его через некоторое время, если закрыть его раньше, то таймер закроет карточку, т.к. отработает $.fancybox.close().
Обращение по селектору $.fancybox.close() не принимает, да и автор наверное не думал, что кто-то будет делать матрешку из плагина.
Условие наличия класса также не помогло.