Есть проект, где бэкенд и фронтенд лежат в разных репозиториях. Где будет более правильно хранить файл docker-compose для поднятий приложения? В каком-то из этих репо или создать новый репо только конфигураций приложения?
Новый репозиторий и через сабмодули подключить оба проекта. А вообще можно задуматься над монорепозиторием где будет и фронт и бэк и docker-compose. Почему вы решили сделать отдельные репозитории?