Подробная инструкция, если еще актуально Shrink Qcow2 Disk Files
https://pve.proxmox.com/wiki/Shrink_Qcow2_Disk_Files
У меня, хотя и включен Trim и virtio_scsi driver на госте, установлен Discard в свойствах диска автоматически он не сжимается. Хотя для меня критичны размеры резервных копий, а не самого диска. Чтобы в резервные копии не попадала удаленная гостем информация достаточно запустить sdelete -z на госте (windows)