Собственно, WAV и есть, он умеет хранить метаданные. Кроме того, есть BWF, который расширяет возможности WAV.
Как минимум метки времени в WAV ставить можно, а вот как они будут обрабатываться -- это уже вопрос используемого софта.
Чуть подробнее можно посмотреть здесь, а там уже гугл в помощь.
wavmetadata.blogspot.com