Любые флешки имеют недоступный для юзера объем памяти, а также свой контроллер, который одному ему известным алгоритмом распределяет память и "сообщает" о том, что память исчерпана. Соотв. гарантированно произвольные данные нельзя стереть, особенно если это был маленький "скриптик" на 250 байт.
Как вариант, сделать бекап конфига роутера, полностью заполнить память роутера мелкими файлами под завязку, стереть роутер и восстановить его из бекапа.