Все что Вы хотите делается средствами api яндекс карт. Выделить нужную область и т.д. В том же api есть описание как формируются объекты и расставляются по карте. Соответственно храните в таком же виде инфо своих объектов в базе, зеркально нужному json. Кроме этого в других таблицах хранятся параметры объектов, такие как округ, метраж и т.д. Соответственно делая массив объектов для карты, вы дополняете запрос фильтрами, которые ввел пользователь. Обычно это форма фильтра. Парсить строку будет проблематично, что бы угадывать что имел в виу пользователь, но возможно.
может быть отдельно загрузить координаты в базу и присвоить к каждому объекту?
не понимаю как Вы без координат вообще что-то планировали делать?
