Memcached::getAllKeys() отправляет запрос на каждый сервер и получает массив всех ключей, хранящихся на нем в данный момент. Это не атомарная операция, так что это не по-настоящему непротиворечивый снимок ключей в данный момент времени. Memcache не может гарантировать возврата всех ключей, вы также не можете полагаться на то, что все ключи были возвращены.
В каких случаях могу не получить все ключи?
Допустим у меня есть 1000 ключей с идом пользователя в которых хранятся настройки. По ключам нужно делать перебор в массиве и выполнять то, что указанo в в этих настройках. Если пользователь удалил настройки, удаляется и ключ. Нужно получать все ключи, но меня смущает описание getAllKeys(
Вероятно речь о том, что мемкеш не блокируется на запись в момент получения всех ключей. То есть, есть вероятность, что к моменту, когда вы получите весь список ключей, какой то из них мог быть изменен другим запросом.