Решили убрать апачь, настроили редиректы в nginx , вроде всё работает. Но заметил что при нажатии на ссылку (там работает js windows.open) по сути открытие нового окна, вместо нового окна, браузер предлагает скачать файл. Какого было моё удивление, когда я открыл файл и обнаружил свой код, файл был без расширения. Скачивается тот файл на который идёт редирект для дальнейшей работы скрипта, причём таких ссылок несколько, остальные открываются нормально.
# For more information on configuration, see:
# * Official English Documentation: nginx.org/en/docs
# * Official Russian Documentation: nginx.org/ru/docs
user apache;
worker_processes auto;
worker_cpu_affinity auto;
worker_rlimit_nofile 98304;
pcre_jit on;