Сразу вижу несоответствие. В вопросе написано про обновление 1С и как "доказательство" приведен скриншот ошибки обмена с сайтом. При обновлении никакие обмены не запускаются (из процедур обновления). Если такое происходит, попробуйте перед обновлениями отключать выполнение фоновых заданий.
Теперь к ошибке. Тут проблема не в правах, а в "совместном доступе к файлу". И это общая ошибка для работы с файловой системой, а ваш обмен с сайтом только частный случай, где вы на нее попали. У меня был проект на сервере Ubuntu и я сталкивался с подобной ошибкой, когда ОС говорила 1С, что с файлом можно работать, но тот же конструктор ЧтениеТекста() выдавал ошибку (на винде такого не происходит).
Если воспользоваться объектом типа Файл, то он покажет существование вашего файла, но его размер будет нулевой (ОС еще не сбросила данные файлового буфера и не закрыла дескриптор). Собственно на этом и строилось мое исправление. Я сделал небольшой цикл ожидания пока размер равен нулю и как только у файла появлялось содержимое (или по таймауту) отпускал алгоритм выполняться далее.