Date.now() > timestamp + 5000 (ваше время)
равно true, то показывать окно.if (localStorage.getItem('popup') !== null) {
var timestamp = localStorage.getItem('popup');
if (Date.now() > Number(timestamp) + 5000) { // 5 секунд
// показываем окно
$('.popup').fadeIn();
}
}
$('button').on('click', function() {
localStorage.setItem('popup', Date.now());
});