При запуске JVM передать параметр
-Djava.security.policy=server.policy
, а в файле server.policy написать
grant {
permission java.net.SocketPermission "127.0.0.1:25565", "connect,accept,resolve";
};
JVM не позволит программам занимать иные порты, кроме указанных в политике. Правда, она ещё много чего запретит и скорее всего вам придётся долго и кропотливо выяснять, какие ещё права нужны вашему серверу для нормальной работы.