Видел я людей, которые называли себя программистами и при этом до жути боялись открыть консоль и что-то в ней сделать. Думаю вы встречали таких. Их еще обычно издалека можно опознать по стремлению извратиться как угодно и поставить 100500 плагинов в свою ide, только чтобы не запускать консольку. Они как будно боятся мигающего курсора. Обычно это сопровождается боязнью экспериментов и вообще изучения нового. В первую очередь требование уметь работать с linux отсеивает подобных кандидатов.
В моем окружении фраза "навыки работы в Linux-системах" подразумевает, что вы можете настроить свое рабочее окружение, можете управлять зависимостями, запускать сборку, тесты, и при этом не отвлекать коллег тупыми вопросами в духе "я вошел в vim и теперь не знаю, как из него выйти". Какое-то серьезное администрирование наша профессия не предполагает (в компаниях, где оно вообще есть, обычно есть и отдельный админ), а вот все, что связано с повседневными задачами вы должны делать сами.