Есть 2 функции в php, которые выполняют следующее:
1. Создаёт схему БД.
2. Создаёт дамп данных на эту БД
mysqldump -uUSER -pPASSWORD -hlocalhost -d --default-character-set=utf8 --quote-names --allow-keywords --add-drop-table --set-charset --result file=/path/to/file/schema.mysql
mysqldump -uUSER -pPASSWORD -hlocalhost --ignore-table=PROJECT.schema_info-t --default-character-set=utf8 --add-drop-table --create-options --quick --allow-keywords --max_allowed_packet=16M --quote-names --complete-insert --set-charset --result-file=/path/to/file/data.mysql
Нужно при создании schema.mysql взять данные из таблицы schema_info и положить в schema.mysql. А при создании data.mysql взять все данные кроме данных в schema_info и запихать в data.mysql