Сервер настраивается таким образом, чтобы все обращения перенаправлялись на один php файл. Так же он может изменить строку запроса каким либо образом. Например, как вы указали, перевести все по неким правилам в гет параметры.
Далее в PHP строка запроса парсится и по заложенным в роуторе правилам запрос передается в определенный обработчик.