Добрый.
С плагином этим не работал, но судя по
документации, в нем есть функция pll_current_language для определения текущего языка. Поэтому, добавляйте условия в header.php и footer.php и меняйте как необходимо.
if(pll_current_language() == 'ru') {
//code
} else if(pll_current_language() == 'en') {
//code
}
P.S. Чтобы увидеть что и в каком именно формате возвращает функция, можно можно воспользоваться
var_dump(pll_current_language());