qwerty1777, вы пытаетесь custom.js и lity.js упаковать в bundle.js. Т.е. сначала один исходный туда, а потом второй исходный в это же самое имя. Вебпак отказывается перезаписывать свою предыдущую работу.
Чтобы объединить файлы, делайте import одного внутрь другого. Чтобы был один entry.
А множественные бандлы надо делать с помощью filename: '[name].bundle.js', Как-то так, не скажу точно, надо смотреть.