Я бы упаковал все, связанное с конкретной версией АПИ (модели, Http, репозитории, ресурсы и .т.д) в свой неймспейс
Или даже пакет
На каждую версию api свой service provider, который подключает роутинг из кастомного файла (e.g. подпапка V2.0 в папке routes) и все остальное, вьюшки, если нужно, тоже из кастомного папки можно подгружать, указывая неймспейс (e.g. v2.0::index)
Тесты тоже можно паковать, указав suitecase в phpunit.xml