Не совсем понятно, что там еще находится, но, возможно, подойдет unwind из aggregate framework.
Как-то так:
> db.groups.find();
{ "_id" : ObjectId("5af95ce4b538395ae8af74fd"), "group_id" : 12312, "settings" : [ { "name" : "world1" }, { "name" : "world2" }, { "name" : "world3" } ] }
> db.groups.aggregate({$unwind: "$settings"}, {$match: {"settings": {"name":"world2"}}});
{ "_id" : ObjectId("5af95ce4b538395ae8af74fd"), "group_id" : 12312, "settings" : { "name" : "world2" } }
Mongoose это должен уметь