{ "name": "Вася", "age": "35"}
$json = json_decode(file_get_contents('test.json'), true); //Читаю файл так
----------
file_put_contents('test.json', json_encode($json, JSON_UNESCAPED_UNICODE)); //Пишу файл так
нужно убрать кавычки у Васи
json_encode($json, JSON_UNESCAPED_UNICODE | JSON_NUMERIC_CHECK);