Не очень понятно что такое "пустая тема", но попробую ответить. За шапку и подвал отвечают файлы header.php и footer.php соответственно. Вы можете создать файлы с такими названиями внутри папки с темой и вставить свою вёрстку туда.
Чтобы шапка и подвал стали "родными" для WordPress вам нужно будет прописать ключевые функции, добавив
строчку <?php wp_head(); ?> в шапку перед закрывающим тегом /head и строчку <?php wp_footer(); ?> в файл подвала перед строчкой закрывающим тегом /bоdy
Также полезно строчку с тегом bоdy заменить на bоdy <?php body_class(); ?>
Для того, чтобы в Шапке была навигация контролируемая через интерфейс Вордпресса нужно сделать 3 вещи:
1) Зарегистрировать меню в файле functions.php c помощью функции
register_nav_menu()
2) Наполнить это меню с помощью интерфейса админ-панели в разделе Внешний вид > Меню
3) Подключить это меню в шапке сайта с помощью функции
wp_nav_menu()