Когда твои данные дойдут до ApplicationLayer, то служба этого уровня, должна достать агрегат из репозитория, и над этим агрегатом произвести действия на основе входящих данных. Например, если отредактировали фамилию пользователя, то:
1. var user = userRepository.GetById(777);
2. user.LastName = inputData.LastName;
3. userRepository.Save(user);
В таком духе...