Некоторый софт требует серверной версии ОС.
В серверных версиях ОС могут быть компоненты, которых нет в десктопных версиях ОС (и наоборот).
Серверные ОС обычно имеют более длительный срок поддержки.
Если взять Windows, то параметры серверных ОС изначально оптимизированы для равномерного распределения ресурсов между задачами, а в настольных - приоритет дается активной задаче, плюс больше памяти выделяется под кеширование дисковых операций. И др.
Ну и вообще, конкретную ОС надо смотреть.