За "исправление ярлыков" (путей) отвечает служба TrkWks -
Клиент отслеживания изменившихся связейПоддерживает связи NTFS-файлов, перемещаемых в пределах компьютера или между компьютерами в сети.
А происходит это, возможно, из-за "отпадывания" сервера, точнее чего-там у тебя отвечает за такой "доменный путь".
Или, как вариант, domain.ltd это "DNS суфикс" который дописывается к имени компьютера, но служба падает (или происходит какой-то ещё сбой) и суфикса больше нет. (хотя и с обычным именем сервера всё равно должна работать программа)
Так же возможен вариант, что какой-то клиентский компьютер (или другой сервер) "становится главным" (не в плане хранения имён-адресов). Но тут я уж на словах не могу объяснить :( опыта в объяснениях такого у меня маловато.