Загрузив в папку "бэкдор", предполагаемый злоумышленник получит возможность запускать любые скрипты от имени вэб-сервера. Ну или от имени php-fpm, например. Шелл скрипты будут запускаться от того же имени. Поэтому "получить root" по умолчанию невозможно.
Наличие chroot в ftp, по своей сути, уничтожает описанную проблему на корню.
ОДНАКО! Все вышеописанное верно при отсутствии эксплоита критических уязвимостей ядра. Следовательно, при наличии актуальных обновлений безопасности.