Подключайте скрипты и стили через functions.php согласно кодексу ВП
jquery подключать не нужно. он есть по умолчанию. Но если вы хотите подключить свой, то нужно для начала сделать deregister текущего.
Пример кода:
function register_styles_scripts() {
//стили
wp_register_style('style', get_template_directory_uri() .
'/style.css');
wp_enqueue_style('style');
//скрипты
wp_deregister_script('jquery');
wp_register_script('jquery', get_template_directory_uri() .
'/assets/js/jquery.js');
wp_enqueue_script('jquery');
wp_deregister_script('jquery.min');
wp_register_script('jquery.min', get_template_directory_uri() .
'/assets/js/jquery.min.js');
wp_enqueue_script('jquery');
wp_register_script('script', get_template_directory_uri() .
'/assets/js/script.js');
wp_enqueue_script('script');
}
add_action('wp_enqueue_scripts', 'register_styles_scripts');