Структура проекта:
/var/www/site.devel/
- v1/
-- /backend
-- /frontend
- v2/
-- /backend
-- /frontend
При запросе
site.devel должны исполняться php скрипты в /v1/frontend, соответственно при запросе site.devel/backend должны исполняться скрипты в /v1/backend. Если указана версия (site.devel/v2/ и site.devel/v2/backend/), то должны исполнятся скрипты из соответствующей папки. Пока только регулярки на уме.
P.S статика версии в своей папке vN