Здравствуйте.
Чтобы понять что происходит, нужно понять как всё работает, вне зависимости от типа брандмауэра (фаервола) и VPN. Если на пальцах, то VPN это тунель ("труба") которая позволяет подключасться к какой-то сети, будучи "изолированной" и защищённой от "окружающей" сети в среде передачи. Сеть построенная с VPN может иметь совсем иные параметры (IP адреса и прочее). Правила или ограниченя в основной среде (сети) могут не распространяться в VPN сеть. Представте изолированный ящик в комнате. Всё что будете творить и вытворять в комнате не повлияет на то, что в ящике. Для этого нужно дополнительные правила в фаерволе для сети VPN, если это возможно с финкционалом используемого фаервола.
При выполнении серьёзных работ, если в основном используются правила на уровне сети а не для приложений в ПК, желательно использовать не программый брандмауэр (фаервол), а аппаратный (например Mikrotik), с помощью которого можно так же создавать VPN подключения.