Добрый вечер. Нужно чуточку прояснить вопрос, если у вас в сети шлюзом является Mikrotik а коммутатор Cisco. Вам нужно будет сперва решить как у вас будет выполняться маршрутизация vlan-ов, самый простой способ RoS. В Mikrotik-е нужно будет создать соответствующие субинтерфейсы с необходимым инкапсуляцией vlan-ов. И в транковом порту Cisco нужно будет указать необходимые vlan-ы. Также нужно уточнить про dhcp сервер, он у вас как организован? Если на Mikrotik-е то IP адреса без проблем будут выдаваться, если скажем на Windows серверах, то вам нужно будет добавить ip helper address данного сервера (данная команда для Cisco, для Mikrotik нужно посмотреть.)