Данный запрос выполняется долго, надо уменьшить время
SELECT
taxon.name,
test.domain d,
(select id from taxon where name = (select name from test where id = d limit 1) limit 1)
FROM `test`
join taxon on taxon.name = test.name
не понял, все в одной таблице что ли???
и да - дайте структуру таблиц и что нужно по итогам, так то разбираться в потугах криворукого студента нет никакого желания