Правильно - ставить из репозитория ОС
Но иногда требуется поставить крайнюю версию софта и она чаще всего есть в пип
Потому, если поставили через пип, то позаботьтесь обновлять руками или сделать скрипт, который вместе с обновление софта из реп ОС будет делать pip install --upgrade