В общем:
- redux популярнее (больше работы)
- redux должен быть стабильнее (так как слишком широкое внимание к себе привлекает)
Технически: обе библиотеки берут свое начало от реализации flux, но имеют разницу в деталях. Судя по документации reflux - у них тоже (как и flux) несколько store-хранилищ. У redux - store един.
Суть библиотек одна: однонаправленный поток управления данными. Если говорить простым языком: как управлять всеми данными в приложении: кто-то куда-то кликнул, что-то где-то изменилось.