Можно и так и так, всё зависит от вашей технологии анимации, если анимация у вас покадровая, то разделить её на две половинки будет сложно, если же вы используете
Spine или
Anima2D, то сделать это будет гораздо проще, в примерах к Spine даже есть готовая реализация того, что вы хотите. Без плагинов разделить анимацию тоже можно, например, если у вас есть человечек с пистолетом в руке, просто отрезаете стреляющую руку и анимируете её отдельно, а тело всегда анимируете безруким, потом просто эти два объекта соединяете в иерархии трансформов. При таком подходе вы сможете вращать стреляющую руку как угодно не меняя анимацию тела.