$el = new CIBlockElement;
$arLoadProductArray = Array(
"PROPERTY_VALUES"=> array(
"PHOTOS" => array(
($_FILES["PHOTO_1"]["size"] == 0) ? CFile::MakeFileArray($arCard["PROPS"]["PHOTOS"]["VALUE"][0]) : $_FILES["PHOTO_1"],
($_FILES["PHOTO_2"]["size"] == 0) ? CFile::MakeFileArray($arCard["PROPS"]["PHOTOS"]["VALUE"][1]) : $_FILES["PHOTO_2"]
)
)
);
$res = $el->Update($arCard["FIELDS"]["ID"], $arLoadProductArray);
Таким образом файлы только добавляются к уже имеющимся, а как их можно перезаписать или вообще очистить свойство?