Достаточно ходить по HTTPS на всей сайты хоть через VPN, хоть через Tor, хоть "напрямую", тогда никто на пути следования не сможет разобрать трафик.
Если же сайт работает по HTTP, то необходимо убедиться, что соединение шифруется от вашего хоста до целевого хоста с сайтом. Тор это здорово, однако на выходной ноде трафик можно будет просмотреть. Что касается VPN, то если он предоставлен каким-то провайдером услуг, то рано или поздно трафик выйдет из VPN и пойдет в незашифрованном виде.
