Разница будет только при касании экрана двумя пальцами и более, GetTouch в таком случае отдаст факт нажатия первым пальцем, при этом вы можете его убрать и оставить остальные на экране, и они по-прежнему будут вторыми-третьими и так далее. GetMouseButton не будет различать между пальцами и будет реагировать только на сам факт нажатия (скорее всего, последний раз я проверял пару-тройку лет назад). В вашем случае можно использовать любой способ, никакой разницы в производительности не будет. Учтите только, что Input никак не взаимодействует с UI, что может привести к тому, что при нажатии кнопок у вас лишний раз срабатывать логика.