Ну дак напиши сам, там всего-то два класса, первый делает запрос к бд и проходит по списку файлов из папки с миграциями. Второй запускает миграцию и в ней выполняет невыполненый файл миграции, если нет эксепшинов либо фальш, откатывает, иначе применяет, возвращает итог первому, тот делает пометку что миграция применилась либо кидает исключение. А в консоле можно запустить любой php скрипт.