Как делаю я...
Через composer create-project *** делаю папку с проектом
Затем открываю ее в PHPStorm в папке создается .idea
Затем открываю папку в Sourcetree и после этого появляется папка .git
При этом в Sourcetree периодически появляются файлы в поле для индексирования: workspace.xml, php.xml, certificate_symfony.iml, и т.д. Все эти файлы находятся в папке .idea.
Подскажите, может быть надо в другом порядке работать с папкой проекта? Или руками вносить .idea в .gitignore?