Как пагинаwию реализовали? по идее не должно такого быть, он просто параметры к текущему url добавляет, так что пагинация на
site.com/alias-category
должна давать
site.com/alias-category?page=2
мало того, Вы же можете переопределить route в объекте Pagination
www.yiiframework.com/doc-2.0/yii-data-pagination.h...
Так что думаю Вы где-то ошиблись, давайте код