В типовых конфигурациях (особенно тех, которые обмениваются с Битрикс-подобными сайтами) есть стандартная обработка "Регистрация изменений для обмена". Запустите ее. Сверху нужно будет выбрать план обмена "Обмен с сайтом" и указать узел с вашими настройками. Вам будет показан весь перечень объектов, которые зарегистрированы для будущего обмена. "Регистрация для отправки" автоматически пропадает после успешного обмена. Но в данной обработке ее можно и вручную удалить. А так же можно вручную зарегистрировать на отправку нужные вам небольшие пачки данных (выбирая их списком или отобрав с помощью языка запросов).